L'abbazia di San Giovanni in Venere si trova nel comune di Fossacesia, su una collina prospiciente il mare Adriatico a 107 m s.l.m.
Il complesso monastico di San Giovanni in Venere è composto da una basilica e dal vicino monastero, entrambi costruiti all'inizio del 1200 in luogo di un piccolo monastero preesistente.
La posizione è molto panoramica trovandosi su una collina che domina la costa vicina per diversi chilometri verso nord e verso sud.
Il sito dove sorge l'abbazia era un santuario dedicato alla dea Venere Conciliatrice, la cui nascita sarebbe anteriore all'epoca dell'impero di Augusto.
Il culto pagano del tempio successivamente, nel 700 circa, venne sostituito da quello cristiano, con il riutilizzo del tempio in chiesa cattolica da parte dei Benedettini.