پس از ضربه‌‌ی ۱۳۵۰ تمامی اعضاء مرکزیت سازمان مجاهدین خلق ایران جز محمد حنیف نژاد در زندان بودند. ساواک از روی دست نوشته ها و مدارک دریافته بود که نفر اول محمد حنیف نژاد است و با تمام توان بدنبال دستگیری او بود. ساواک نهایتا توانست با زیر نظر گرفتن خانه‌ی یکی از پشتیبانان سازمان ارتباطاتی را کشف و سرانجام به خانه‌ی محمد حنیف‌ نژاد دست پیدا کند.
دادگاه‌های نیمه علنی برای مجاهدین
پس از دستگیری محمد حنیف نژاد، ساواک همه چیز را تمام شده می‌دید و تصور می‌کرد توانسته است بر سازمان مجاهدین خلق غلبه کرده و کار آن را یکسره کند. اما چیزی نگذشت که ورق برگشت و به زندان افتادن مجاهدین باعث شهرت سازمان مخفی آنها شد و هزاران نفر از جوانان مخالف شاه را به سمت آن‌ها جذب کرد. این موضوع پس از برگزاری جلسات نیمه علنی دادگاه چند تن از مجاهدین اوج گرفت. تیتر تمامی روزنامه ها از حضور یک سازمان مسلمان با مشی مسلحانه خبر ‌داد.
خوشحالی بزرگ برای جوانان مبارز
در آن زمان مبارزه‌ی جدی علیه شاه تنها به مارکسیست‌ها تعلق داشت و تنها سازمان انقلابی قوی سازمان چریک‌های فدایی خلق ایران بود. این برای جوانان مسلمانی که در عین مخالفت با شاه نمی‌خواستند مارکسیست شوند یک تلخی بسیار بزرگ بود. اعلام حضور یک سازمان مخفی مسلمان با عقاید مترقی که سالها پیش تاسیس شده است برای قشر مذهبی آن زمان خبری بسیار خوشحال کننده بود. به این ترتیب درهای بسیاری در زمینه امکانات و پول و ... بروی سازمان باز شده و بسیاری از بازاریان، کسبه، اقشار مختلف به سازمان روی آورده و از آن حمایت مادی و معنوی می‌کردند.
خط مشی مجاهدین در زندان شاه
یکی از نکاتی که در جریان به زندان افتادن مرکزیت سازمان و بخش اعظم اعضاء باید به آن اشاره کرد این است که محمد حنیف نژاد یک خط مشی مشخص را در زندان پیش برد. خط مشی او این بود که تمامی اتهامات را مسئولین و اعضاء بالاتر بر عهده بگیرند تا جرم اعضاء پایین تر سبک شده و بتوانند زودتر آزاد شده و به مبارزه ادامه دهند. به این ترتیب افرادی چون محمد حنیف نژاد، سعید محسن، علی اصغر بدیع زادگان و مسعود رجوی تمامی اتهامات را شخصا به عهده گرفته و دیگران را بی خبر و بی اطلاع جلوه میداند. محمد حنیف نژاد شخصا حتی شرکت در عملیات گروگان‌گیری شهرام پهلوی نیا را نیز بر عهده گرفت در حالی وی در آن مشارکت نداشت. مسعود رجوی بسیاری از اتهامات تحت مسئولین و هواداران سازمان را بر عهده گرفته و آنها را از قید آنها رهاند.این خط مشی در یک مورد حتی به آزادی دو نفر نیز منجر شده و برخی حبس‌های چند ساله گرفتند.