Christian Friedrich Samuel Hahnemann nacque a Meißen in Sassonia, 12 km a nord-ovest di Dresda, una cittadina di appena 4000 abitanti, ma importante per la neonata produzione di porcellane. Suo padre Christian Gottfried Hahnemann, decoratore di porcellane, si era trasferito due anni prima nella città per lavoro insieme alla moglie Johanna Christiana nata Spiess.

Nei primi anni ricevette un'educazione basata sulla rettitudine dal padre ed imparò a leggere e a scrivere dalla madre. Frequentò prima la scuola pubblica e poi quella privata. Acquisì la conoscenza di numerose lingue, tra cui l'inglese, il francese, l'italiano, il greco e il latino, oltre che nozioni di arabo e caldeo.n Studiò medicina per due anni alla Università di Lipsia e quindi si spostò a Vienna, dove vi rimase per dieci mesi.[3] Si laureò con lode il 10 agosto del 1779 a Erlangen. Plausibilmente la sua scarsa disponibilità economica lo spinse a scegliere l'Università di Erlangen poiché le tasse di iscrizione erano più basse.La tesi di laurea aveva come titolo: Conspectus adfectuum spasmodicorum aetiologicus et therapeuticus.

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