La chiesa fu costruita dall'Università degli Orefici e Argentieri, accanto al palazzo che ancora oggi è sede del Collegio degli Orefici, tra il 1509 e il 1575, su un iniziale progetto di Raffaello, e portata a termine col contributo di Baldassarre Peruzzi e Aristotele da Sangallo. La chiesa subì diversi rifacimenti a causa delle continue esondazioni del vicino Tevere.
La facciata originaria crollò nel 1601 e fu rifatta nel 1620 da Giovanni Maria Bonazzini, completando i disegni di Flaminio Ponzio.