La historia de las sonatas para flauta no está clara. Es probable que la mayoría de ellos fueran escritos mientras Bach estaba al servicio del príncipe Leopoldo de Anhalt-Cothen. El príncipe era un joven amante de la música que poco a poco amplió su orquesta de la corte a dieciocho miembros. Contrató a Bach como maestro de capilla en 1717 y es interesante notar, como ilustración de la estima que tenía por Bach, que su salario era el doble que el de su predecesor.

Las sonatas para flauta de Bach probablemente se inspiraron en flautistas locales cuya destreza es evidente en las exigentes partes solistas escritas por Bach en sus cantatas y escenarios. Su visita en 1747 a la corte de Federico el Grande, cuya habilidad como flautista era bien conocida, produjo probablemente la Sonata en Mi mayor así como la Ofrenda Musical sobre un tema proporcionado por el Rey. La Sonata en sol mayor, BWV 1039, data de alrededor de 1720 y es una versión de la Sonata, BWV 1027, para viola da gamba y clavecín.